《洞洞杂货店》是一部都市奇幻治愈系漫画。故事发生在现代都市一条不起眼的小巷深处，有一家只在满月之夜营业的奇特杂货店。这里没有普通商品，只有能解开人们心中郁结的“概念道具”，比如可以让时间变慢的怀表、能听到他人真心话的耳机、或者能寄出无法说出口话语的邮筒。店主是沉默寡言的青年阿默，他与误入此地的乐观外卖员小满一起，为形形色色的客人解决那些难以启齿的烦恼，串联起都市人孤独又温暖的心灵地图。
一位事业有成的女强人总是抱怨时间不够用，忽略了家庭。阿默给了她一只“时间怀表”，她每次拨动指针，周围的世界就会变慢，只有她的行动是正常的。她利用这个能力完成了无数工作，却发现无论如何调慢时间，都追不回女儿成长的瞬间。最终她流着泪将怀表归还，决定准时回家吃饭。
一对即将结婚的情侣因为误会而冷战，女方来到了杂货店。小满给了她一副“真心话耳机”，戴上后能听到对方内心没说出口的话。她听到男友表面抱怨她花钱如流水，内心却是在为创业失败、无法给她更好生活而自责。她摘下耳机，飞奔出去拥抱了那个笨蛋男友。
一个自闭症男孩每天都来杂货店门口徘徊，他想给去世的奶奶写信，却不知寄往何处。阿默取出了一个带翅膀的古老邮筒，告诉男孩这是“天国的邮筒”。男孩把写满思念的信投进去后，第二天家门口出现了一朵奶奶生前最爱的山茶花。
一名神秘女子突然到访，直呼阿默其名，并警告他不要再玩弄人类的记忆。原来阿默曾是一位能修改记忆的神明，因厌倦了神界的规则而逃到人间，开了这家店。女子是来抓他回去的“记忆女神”，但在看到阿默温柔地帮助人类直面伤痛后，她叹了口气，转身离去。
一个失业的漫画家万念俱灰，在店里买了一本能将文字变成立体影像的“故事书”。他将自己未完成的漫画写进去，影像中主角永不放弃的精神深深震撼了他。他撕掉了“放弃”的那一页漫画草稿，重新拿起了画笔，而店里也为他留了一盏长明灯。
外卖员小满因为送餐迷路而闯入杂货店，她看到货架上摆着“绝对不会迷路的指南针”，欣喜若下却发现没带钱。阿默免费送给了她，条件是以后每周都要来店里讲一件送外卖时遇到的趣事。小满的爽朗笑声，成了这家死气沉沉的店里唯一的阳光。